Bioinformaticien - Curriculum Vitae (Français)
PAMELARD
FABIEN
Né le 7 février 1981 à Lille
8 rue de Beussignies
Wavrin
59136
06 1887 7004
fabien.pamelard@lifl.fr
Expériences professionnelles
Septembre 2005 - octobre 2006
Bioinformatique - Puces à protèines
Centre Intégré de Bioinformatique de Lille
Responsable du développement informatique d'une plateforme web pour la gestion et le stockage d'expériences de puces à protéines. "Projet Nano 3D" en collaboration avec l'UMR8525 (CNRS), Institut de Biologie de Lille
[http://www.genopole-lille.fr/bioinformatique/projets.html]descriptif du projet
Formateur sur l'utilisation de BASE (BioArray Software Environment) pour les biogistes et bioinformaticiens (voir Formations )
Mise en place d'un forum francophone dédié à la plateforme BASE (aide à l'installation, utilisation, discussions, développements...)
[http://www.genopole-lille.fr/forumbase]accès au forum
El-Ghazali Talbi
Juin 2003 - juillet 2005
Bioinformatique - Puces à ADN
Laboratoire d'Etudes Transcriptomiques et génomiques appliquées / Institut Pasteur de Lille
Mise au point d'une puce à ADN de détection et de typage des papillomavirus humains (HPV) muqueux. Le travail bioinformatique repose sur l'identification d'oligonucléotides de captures spécifiques et sur la recherche d'amorces PCR pour l'amplification des HPV séquencés
Mise en place et gestion d'un serveur Apache/PHP/MySQL sur le réseau local sous Linux (machine biprocesseur)
Responsable de l'installation et de l'optimisation de BASE 'BioArray Software Environment' en local ( plateforme spécialisée dans le stockage des expériences de puces à ADN répondant aux critères MIAME) : amélioration de la plateforme par la création de modules de controle qualité en PHP (stockage et gestion de protocoles, graphes et valeurs associées); adaptations aux besoins du laboratoire de certaines parties de la plateforme (ex. format spécifique de plan des lames à la sortie du robot 'spotter' ). Implémentation sous forme de 'plug-in' d'un outil statistique pour lister les gènes significatifs d'une expérience de puces à ADN - non finalisé - ( sous R )
[http://pasteur-lille.fr/recherche/biopuces/]
suivre thématique puis bioinformatique
Developpement en PHP/HTML du site internet du Laboratoire d'études transcriptomiques et génomiques appliqués
[http://www.pasteur-lille.fr/fr/recherche/biopuces/]accès au site
Y.Lemoine, D.Hot et C.Hubans
Septembre - janvier 2003
Travaux d'Etudes et de Recherches
Université des Sciences et Technologies de Lille (USTL)
Caractérisation du gène du récepteur de la vitamine B12 chez Escherichia coli. Cartographie génétique, complémentation fonctionnelle, clonage moléculaire et séquencage nucléotidique
Juin - septembre 2002
Travaux de Recherches
Laboratoire de "Régulation ionique et moléculaire du cycle cellulaire" à l'USTL
Etude de l'activation des ovocytes de Xenopus laevis. Analyses par immuno-détection (Western blot), micro-injection d'ovocytes de Xenopus laevis et cytologie
J-P Vilain et J-F Bodart
Formations scientifiques
Le 11 et 12 Mai 2006
"Base de données en bioinformatique"
Cette formation a pour but de faire acquérir les notions de base nécessaires à la création
et à l'exploitation d'une base de données. Les participants seront capables d'appliquer les acquis à la
gestion de leur données dans leur environnement de travail.
Institut Pasteur de Lille
Le 24 Novembre 2005
"Stockage, gestion et analyse des données de transcriptomique
issues d'expériences de puces à ADN"
BASE est une plate-forme qui allie une interface WEB et une base de données spécialisée
dans le stockage des données générées lors d'expériences de puces à ADN. BASE a été conçue pour
répondre aux recommandations MIAME (Minimun Information About Microarray Experiment) du groupe
MGED (Microarray Gene Expression Data).
La formation proposée a pour but de familiariser les participants et/ou de les rendre autonomes dans
la manipulation des principales fonctionalités de BASE. Co-responsable de la formation avec Pierre Laurence.
[http://www.pasteur-lille.fr/fr/accueil/formation_bioinformatique.htm]
détail
Centre Intégré de Bioinformatique de Lille
Du 9 au 13 Mai 2005
"Différents domaines de la bioinformatique"
Cette formation a pour objectif de familiariser les participants ou de les rendres
autonomes dans la manipulation des principaux outils proposés dans la domaine de la
bioinformatique. Co-responsable de la formation avec Christine Hubans
[http://www.genopole-lille.fr/bioinformatique/formation/]détail
Institut Pasteur de Lille
Du 2 au 5 Mai 2005
"Organisation d'un séjour scientifique en Suisse"
Ce séjour est organisé par l'ensemble du Master professionnel EGOISt 2003-2005.
Il a pour objectif la visite des deux grands acteurs de la bioinformatique internationale : l'Institut
Suisse de Bioinformatique avec entre autres la visite de Swiss-Prot et le Centre de Recherche Nestlé.
[http://www.univ-rouen.fr/ABISS/MasterBioinfo/2nd_EGOISt_European_Tour_2005.html]détail
Lausanne - Genève
Competences
Biologie
Biologie moléculaire
Nanotechnologie - puces biologiques (ADN et protéines) : connaissances dans toutes les étapes des puces biologiques, de la fabrication à l'analyse des données brutes en passant par l'étape de quantification
Informatique
Bonnes connaissances dans les technologies Web (HTML/PHP/XML/XSLT/CSS/JSP)
SGBD MySQL, PERL, R, C, JAVA et Shellscripts (Unix)
Système d'exploitation : Linux (Redhat, Fedora Core ou Mandrake) et Windows
Utilisations courantes
Langage web, base de données, banques de données généralistes, logiciels d'alignements (ClustalW et BLAST), recherche de motifs spécifiques (MEME, OligoArray) et librairies Bioconductor sour R
Langue étrangère
Anglais scientifique (lu et parlé)
Titres universitaires
Sept. 2003 - juin 2005
Master professionnel de bioinformatique - Etudes des Génomes : Outils Informatiques et Statistiques ( Rouen ), mention Bien
Deux ans de formations, alternance stage/cours ( 18 mois de stage )
[http://www.univ-rouen.fr/ABISS/MasterBioinfo/description_master.html#Programme]programme
Juin 2003
Maîtrise - mention génétique et microbiologie, mention Assez Bien
Université des Sciences et Technologies de Lille (USTL)
[http://ustl1.univ-lille1.fr/projetUstl/]lien vers USTL
Juin 2002
Licence - mention physiologie et biologie cellullaire
Université des Sciences et Technologies de Lille
Juin 2001
DEUG - mention biologie, mention Assez Bien
Université des Sciences et Technologies de Lille
Activités extra professionnel
Vie associative
Président de l'association Biosup'Lille et création du site
[http://biosuplille.free.fr]accès au site
Activités sportives
Course à pied et sports de glisses : snow-board et kitesurf
Autres centres d'intérêt
création de sites et clips vidéo; intérêts pour le cinéma et la musique en général
[http://www.abaddon-dub.com]accès au site de la bande dessiné Abaddon Dub aux éditions Paquet
Décembre 2005